Identificación de virus fitopatógenos en Estátice (Limonium sinuatum (L.) Mill.) mediante la aplicación de secuenciación de alto rendimiento (HTS-High Throughput Sequencing)

 

Authors

Taipe Bolaños, Marco Vinicio

Format

MasterThesis

Status

publishedVersion

Description

La detección de virus fitopatógenos por medio del análisis de datos de secuenciación de alto rendimiento (HTS-High Throughput Sequencing) y el análisis con herramientas bioinformáticas se ha incrementado en los últimos años. La presente investigación se centró en la aplicación de este método de diagnóstico para el reconocimiento de virus fitopatógenos a partir de muestras foliares de plantas de flores de corte de Limonium sinuatum (L.) Mill, una flor de relleno para florero cultivada en plantaciones florícolas del Ecuador. Con el flujo de trabajo utilizado, fue posible ensamblar el genoma completo de Alstroemeria Necrotic Streak Virus (ANSV), un virus del género Orthotospovirus conformado por tres segmentos (L, M y S) y cuyas longitudes fueron de 8755 pb, 4869 pb y 3135 pb respectivamente. La anotación de este virus fue enviada al repositorio de GenBank y registrada con números de accesión ON149273, ON149272 y ON149271 para cada uno de los segmentos del virus. La reconstrucción histórica evolutiva realizada con los métodos de máxima verosimilitud e inferencia bayesiana, utilizando los aminoácidos del gen N de la nucleocapside de los orthotospovirus registrados en GenBank, ubica al virus ensamblado de ANSV de la muestra recolectada en Ecuador dentro del mismo clado que las accesiones reportadas de estudios sobre el virus de ANSV en Colombia. Se presume que el agente causal de la sintomatología de virus presentada en campo para las hojas de Limonium sinuatum sea provocada por el virus de ANSV detectado en el análisis HTS, lo que pone en alerta la necesidad de implementar planes de controles fitosanitarios integrales a nivel de pequeños, medianos y grandes agricultores.

Publication Year

2022

Language

spa

Topic

SECUENCIACIÓN DE ALTO RENDIMIENTO HTS
LIMONIUM SINUATUM
ALSTROEMERIA NECROTIC STREAK VIRUS
VIRUS FITOPATÓGENO
ENSAMBLAJE

Repository

Repositorio Universidad de las Fuerzas Armadas

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http://repositorio.espe.edu.ec/handle/21000/35984

Rights

openAccess

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