Caracterización de sitios de reconocimiento molecular vía métodos computacionales de dianas involucradas en mecanismos de defensa de las plantas
- Format
- BachelorThesis
- Status
- publishedVersion
- Description
The plants‘ defense mechanism involves a series of phytohormonal routes that trigger the transcription of a great variety of genes associated with the induced defense response of the plant. The signaling route of the jasmonic acid is an example. This protective response has been vastly studied in Arabidopsis thaliana that needs of a protein known as COI1 attached to a F-box protein, a SPK1 attached to another F-box, and a CUL1 protein in order to form the SCF(COI1) complex. This complex selectively signalizes the repressor protein (JAZ1) for its subsequent ubiquitination and degradation under the recruitment of JA- Ile or isoleucine jasmonic acid. A promising application of understanding this mechanim of plant defense is to determine important sites of union among proteins in order to help in the design of effective and economic agrochemicals that will work as analogs replacing or inhibiting the effect of the jasmonic acid. To help in achieving this goal, it is first necessary to characterize the system‘s molecular structure and to determine the most important regions for the formation and stability of the complex in the presence of JA-Ile. Here, the methodology used were tools that encompass computational biology. The objective is to clearly identify the influential sites (amino acid residues) using a combination of conservation criteria, mutational sensitivity criteria, and structure prediction. The most important results is the identification of sites that may be biologically meaningful not only for Arabidopsis thaliana’s complex but that may be meaninglful within a greater group of plants‘ JA-Ile mediated complexes.
El mecanismo de defensa de las plantas involucra una serie de rutas hormonales que desencadenan la transcripción de una gran variedad de genes asociados a la respuesta de defensa inducida de la planta. La ruta de señalización del ácido jasmónico es un ejemplo de ello. Significativamente, dicha respuesta protectora se ha estudiado muy ampliamente en Arabidopsis thaliana el cual requiere de una COI1 unida a una proteína F-box; una SKP1 unida a otra F-box y una proteína CUL1 para formar el complejo SCF(COI1) que selectivamente señala proteínas represoras (JAZ1) para su posterior ubiquitinación y degradación bajo el reclutamiento de JA-Ile o ácido jasmónico isoleucina. Por lo tanto, es importante determinar sitios importantes de unión entre proteínas para diseñar análogos que reemplacen o inhiban el efecto del ácido jasmónico en las plantas bajo un precio rentable. Para esto, fue necesario emplear herramientas que abarcan la biología computacional para entender la biología molecular del sistema y determinar regiones importantes que regulen la expresión del ácido jasmónico bajo criterios de conservación, sensibilidad mutacional y predicción de estructuras que no solamente sea viable en Arabidopsis thaliana sino también sea dirigido a otros grupos mediados por JA-Ile.
- Publication Year
- 2016
- Language
- spa
- Topic
- Biología Molecular
Biotecnología Agrícola
Métodos Computacionales
Plantas
CIENCIAS
BOTÁNICA
- Repository
- Repositorio Universidad San Francisco de Quito
- Get full text
- http://repositorio.usfq.edu.ec/handle/23000/5188
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ec/