Identificación molecular y microscópica de hongos en suelos antes y después del tratamiento con 1,3 Dicloropropeno y Cloropicrina

 

Authors

Romo González, Mónica Denisse

Format

BachelorThesis

Status

publishedVersion

Description

This study analyzed the phenotypic differences in fungi populations before and after the application of 1-3 Dichloropropene and Chloropicrin used as a biocide gas. The treatment was applied at 0-20 and 20-40 cm depth into the soil. The effectiveness of different culture media was also measured (Potato Dextrose Agar PDA, V8 and Czapek CZ) by colony counting. To identify the cultivated fungi we used the standard technique (microscopy, coloration and taxonomic keys) and molecular methods based on the polymerase chain reaction (PCR) and the sequencing of ribosomal DNA. We found that the populations and diversity of fungi changed significantly after the application of the biocide gas. PDA proved to be a more effective media for samples with high diversity of fungi, while V8 and CZ recipes worked only for certain species. We extracted DNA from 18 samples. 12 of those generated enough DNA for sequencing. Only 5 of theses samples were identified as a fungus using BLAST. Only two species. Trichoderma asperellum which is not a pathogen but rather consider beneficial for soil health, and Aspergillus niger which is a saprophytic fungus that degrades organic mater but also acts as a plant pathogen. There were discrepancies between 4 of the fungus identified by standard methods and the molecular method. Another 4 samples could not be used because DNA was not entirely pure. We suggest that this type of studies need to be repeated in order to improve the DNA extraction and amplification techniques and maybe find more specific primer for soil fungi
En este estudio se analizó la diferencia fenotípica en las poblaciones de hongos antes y después de la aplicación de gas biocida 1-3 Dicloropropeno y Cloropicrina, a dos profundidades del perfil del suelo (0-20 y 20-40 cm). Se evaluó también la efectividad de los medios selectivos para el crecimiento de hongos (Papa dextrosa agar PDA, medio V8 y Czapek CZ) mediante la cuantificación de colonias. Para la identificación de los hongos cultivados se utilizó la técnica estándar (microscopía, coloración y claves taxonómicas) y métodos moleculares a base de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y el secuenciamiento del ADN ribosomal. Se encontró que las poblaciones y biodiversidad de hongos en los suelos cambiaron significativamente luego del tratamiento con gas biocida. El medio PDA fue mucho más efectivo para el cultivo de muestras con alta diversidad que los medios V8 y CZ que funcionan solo para ciertas especies. Se extrajo el ADN de 18 muestras, de las cuales 12 rindieron una cantidad suficiente de muestra para la secuenciación. De éstas sólo 5 pudieron ser identificadas con el programa BLAST obteniendo dos especies de hongos: Trichoderma asperellum que no es patógeno y más bien es considerado benéfico para la salud de suelo y Aspergillus niger que es un hongo saprófito degradador de materia orgánica y en algunos casos es un fito-patógeno. Hubieron discrepancias en la identificación microscópica y molecular entre las 4 muestras seleccionadas donde no se obtuvo ADN lo suficientemente puro para la secuenciación. Se deberían repetir estudios de este tipo para mejorar las técnicas de extracción y amplificación de ADN, así como buscar los cambios de biodiversidad de suelo en suelos agrícolas. .

Publication Year

2014

Language

esp

Topic

Suelos - Análisis
Biología de suelos
Hongos del suelo
CIENCIAS
MICROBIOLOGÍA

Repository

Repositorio Universidad San Francisco de Quito

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http://repositorio.usfq.edu.ec/handle/23000/3170

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openAccess

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