Identificación por fenotipo, cuantificación y técnicas moleculares de bacterias a dos profundidades en el cultivo "Hypericum" antes y después del tratamiento de 1-3 Dicloropopeno y Cloropicrina

 

Authors

Brito Espinoza, Fidel Armando

Format

BachelorThesis

Status

publishedVersion

Description

The research focused on the molecular identification of bacteria present in agricultural soils that were treated with the biocide: 45% 1-3-Dichloropropene- 55%, Chloropicrin and soils without treatment. Soil samples were collected from the rose plantation "Latitude Cero". For this study we evaluated bacterial populations in the "Hypericum" crop. Soil samples were collected by simple ramdom ― zig zag‖ sampling, at two different depths (0-20 cm and 20 -40 cm). A total of 16 samples were gathered, 8 of them were biocide treated soils and the other 8 were non treated soils. These samples were isolated in 4 types of media (King Broth, Potato Dextrose Agar, Potato Dextrose Agar plus Peptone, and Nutrient Agar). We then proceeded to make serial dilutions for phenotypic identification and for bacterial population count. The phenotypic identification of bacteria was performed before and after the application of the biocide and at the two depths mentioned above. From the isolated bacteria, monocultures were performed in Luria Broth ¨LB¨ media. Subsequently molecular species identification through DNA sequencing. As a result it was observed that the biocide agent destroyed much of the bacterial biodiversity in the soil studied. The bacteria identified through DNA analysis were Bacillus anthracis, Bacillus megatherium, Bacillus cereus, Bacillus flexus, Bacillus bombysepticus and Pseudomonas flourescens.
Las enfermedades de suelo disminuyen la producción en los cultivos y producen perdidas económicas en los agricultores. Para el control de dichas enfermedades generalmente se utilizan tratamientos biocidas para disminuir las poblaciones de microorganismos presentes. Con el objetivo de aportar al conocimiento del control de las enfermedades del suelo realizamos la identificación molecular de bacterias en suelo agrícola tratado con el agente químico: 1-3 Dicloropropeno al 45% y Cloropicrina al 55%, y comparamos su efecto versus un suelo sin la aplicación del mismo. Las muestras de suelo fueron recolectadas en la finca productora de flores ―Latitud Cero‖. Para este estudio se evaluaron las poblaciones de bacterias del suelo en cultivo de Hypericum (familia de Hypericaceae) mediante un muestreo aleatorio en zig zag, a dos tipos de profundidades de 0-20 cm y de 20-40 cm. De las recolecciones de muestras de suelo se obtuvieron 16 ejemplares de las cuales 8 correspondían a suelo sin la aplicación de biocidas y las 8 restantes con la aplicación de dicho agente. Posteriormente se aislaron las bacterias provenientes de estos suelos en 4 medios de cultivo, usando la técnica de dilución seriada para posteriormente proceder a su respectiva identificación fenotípica y cuantificación poblacional de bacterias. La identificación fenotípica de bacterias se realizó en dos etapas, antes de la aplicación del biocida y después, y al mismo tiempo en las dos profundidades. Con la aplicación del biocida las bacterias crecieron en un 99% solo de color blanco dejando a un lado la biodiversidad de fenotipo por colores sin la aplicación del biocida. De las bacterias identificadas, se realizaron cultivos monosporicos de cada una de ellas en medio Luria Broth ¨LB¨ y posteriormente se realizó la identificación molecular mediante el análisis de secuencia de ADN del 16S ribosomal. Como resultado, se observó que el agente químico biocida destruyó gran parte de la biodiversidad de bacterias en el suelo estudiado y a su vez disminuyó la población total. Las bacterias identificadas por medio de técnicas moleculares en el tratamiento antes del biocida no fueron previamente descritas en las bases de datos siendo nuevos descubrimientos que un futuro deberán determinarse y clasificarse, mientras que el tratamiento despues del biocida fueron: Bacillus megatherium, Bacillus cereus, Bacillus flexus, Bacillus bombysepticus y Pseudomonas flourescens.

Publication Year

2014

Language

esp

Topic

Bacteriología agrícola
Biología de suelos
Suelos - Análisis
CIENCIAS
MICROBIOLOGÍA

Repository

Repositorio Universidad San Francisco de Quito

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http://repositorio.usfq.edu.ec/handle/23000/3164

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